Zusammenfassung

• Kumulativer ISI Journal-Impact-Factor: > 125 (Quelle ResearchGate)
• Anzahl Zitationen in peer-reviewed journal articles : >1.700 (Quelle: Google Scholar, 2022/08)
• h-Index: 14 (Quelle: Google Scholar, 2022/08)
• Publikation in high-ranking Journals wie etwa Nature Genetics und regelmäßiger Gutachter für high-impact peer-reviewed Journals.

Schwerpunkt ist die Auswertung großer Datenmengen mittels intelligenten Analysepipelines und Methoden der künstlichen Intelligenz.

Geleitete Forschungsprojekte/ Betreute Bc/Master-Arbeiten

1. Hübner, Kim (2022/09)
   Protein-Protein Interaktionen und Methylierungsmuster im menschlichen Genom (Abstract)
2. Boudouar, Zakarya (2021/08)
   Konzeption und Implementierung eines Frameworks unter Beachtung der Rahmenbedingungen zur Durchführung von automatischen Oberflächen- und Prozesstests
3. Bruns, Albert (2021/02)
   GENERISCHE VS SPEZIALISIERTE BEWERTUNG NACH ÄSTHETIK
   Spezialisierung eines Netzwerks zur Bewertung von Bildern nach Ästhetik basierend auf Deep Learning.
4. Hoyer, Hannah (2020/09)
   Eine binäre Klassifikation von Hi-C Daten anhand Methylierungsmustern in embryonalen Zellen
5. Lahde, Frederick (2020/05)
   Improving search results in a search engine for chemicals using natural language processing
6. Jakovlev, Oleg (2020/05)
   Smart-Parking-App auf Android und Spring-Boot-Basis
7. Fecht, Florian (2020/03)
   Control-Panel Parkplatz App
8. Muhl, Patrick (2020/04)
   Realisierbarkeit einer Parkplatzfinder-App am Praxisbeispiel der Stadt Emden
9. Stix, Sebastian (2019/12)
   Web Scraping vs. API -ein Vergleich anhand von KNIME Workflows
10. Hochmann, Jasper (2019/11)
    Analysis of Big-Data Next Generation Sequencing data
11. de Vries, Laura (2019/04)
    Optimierung von Single Particle Tracking-Software zur Virusverfolgung in hochdichten zellulären Umgebungen
12. Cirksena, Nico (2018/12)
    Named Entity Recognition in der HR-Domane
13. Lücht, Pascal (2018/11)
    Entwicklung eines Systems zur automatischen Klassifizierung von Dokumenten aus der HR-Domäne
14. de Jong, Sophie (2018/11)
    Herstellung und Untersuchung von standardisiertem Vergleichsmaterial für nachgehende Metagenomanalysen mittels Next Generation Sequencing (NGS)
15. Wehr, Matthias (2018/09)
    Modellierung eines Vorhersagemodells für respiratorisch inrritierende Chemikalien
16. Lehre, Tobias (2018/03)
    Next-Generation-Sequencing, Datenanalyse von bakteriellen Genomen
17. Habben, Anne (2018/02)
    Automatisierte Ableitung von Substrate Recognition Sites als Basis der Bewertung homologer Pr50-Enzyme
18. Scharf, Mattis Jonathan (2018/02)
    Redundante Datenbanken im Praxiseinsatz
19. Selle, Michael (2017/03)
    Auswertung toxikologischer Daten mithilfe der Hauptkomponentenanalyse
20. Behrens, Jan (2016/09)
    Analyse von Motifen und Go-Terms in hypomethylierten CpGI
21. Seifert, Sebastian (2016/09)
    Toxikologische Datenbank für invito Assays – Datenbankdesign, Datenaufbereitung und Analyse
22. Kruse, Insa (2016/09)
    Bioinformatic Pipeline for the Analysis of Position Specific Sequence Constraints
23. Lehre, Tobias (2016/05)
    Time based variation of codon usage of influenza
24. Eppe, Sven (2016/04)
    Analysis of spatial SNP patterns
25. Loers, Jens (2016/03)
    Detecting novel patches under positive selection in influenza A H3N2 proteins
26. Lause, Sebastian (2016/03)
    Entwicklung eines Bildverarbeitungssystems mit Web-Frontend zur Analyse von Formulardaten
27. Peters, Anneke (2015/10)
    Setup eines Systems zur automatisierten Auswertung von Programmierübungen
28. Roelfs, Kai-Uwe (2015/10)
    Analyse einer durch Chromosome Conformation Capture (Hi-C) identifizierten Interaktionsregion zwischen Chromosom 3 und Chromosom 6 der Maus
29. Holtsträter, Christoph (2015/10)
    DNA methylation and its inuence on the human genome
30. Jianguang, Xu (2014/10)
    Using machine learning methods to find the available features about NHL cancer
31. Carvalho, Josué (2014/08)
    Structual Analysis of Tau related proteins
32. Haase, Kerstin (2011/08)
    Influence of small nucleolar RNAs on splicing
33. Walter, Mathias (2010/03)
    Structure – function relationship of viral proteins
34. Albrecht, Nadine (2010/09)
    Non-coding RNAs and splicing
35. Schrader, Björn (2007/10)
    mRNA structure modeling of influenza virus genes
36. Geißler, Bernd (2007/09)
    Domain Composition of Protein Complexes: Analysis and Prediction
37. Hager, Frank (2007/05)
    Heuristic database mapping methods for comparative proteomics

Peer-reviewed Paper

1. Smialowski P, Schmidt T, Cox J, Kirschner A, Frishman D.
   Will my protein crystallize? A sequence-based predictor.
   Proteins 62 (2) , 343-55 (2006)
2. Riley M, Schmidt T, Wagner C, Mewes H, Frishman D.
   The PEDANT genome database in 2005.
   Nucleic acids research 33 (Database issue) , D308-10 (2006)
3. Schmidt T, Frishman D.
   PROMPT: a protein mapping and comparison tool.
   BMC Bioinformatics 7 , 331 (Epub 04 Jul 2006)
4. Riley M, Schmidt T, Artamonova I, Wagner C, Volz A, Heumann K, Mewes H, Frishman D.
   PEDANT genome database: 10 years online.
   Nucleic acids research 35 (Database issue) , D354-7 (Epub 05 Dec 2006)
5. Ruepp A, Brauner B, Dunger-Kaltenbach I, Frishman G, Montrone C, Stransky M, Waegele B, Schmidt T, Doudieu ON, Stümpflen V, Mewes HW.
   CORUM: the comprehensive resource of mammalian protein complexes.
   Nucleic Acid Research 2007 Oct 26;
6. Irmler M, Hartl D, Schmidt T, Schuchardt J, Lach C, Meyer HE, Hrabé de Angelis M, Klose J, Beckers J
   An approach to handling and interpretation of ambiguous data in transcriptome and proteome comparisons
   Proteomics, 2008, Feb 18;8(6):1165-1169
7. Antonov AV*, Schmidt T*, Wang Y, Mewes HW (* equal joint first author)
   ProfCom: a web tool for profiling the complex functionality of gene groups identified from high-throughput data
   Nucleic Acid Research, 2008 Jul 1;36:W347-51
8. Wägele B, Schmidt T, Ruepp A, Mewes HW
   OREST: Online Resource for EST Mapping and Analysis
   Nucleic Acid Research, 2008 Jul 1;36:W140-4
9. Ishihama Y*, Schmidt T*, Rappsilber J, Mann M, Hartl FU, Kerner MJ, Frishman D (* equal joint first author)
   Protein abundance profiling of the Escherichia coli cytosol
   BMC Genomics, 2008, 9:102
10. Wong P, Althammer S, Hildebrand A, Kirschner A, Pagel P, Geissler B, Smialowski P, Blöchl F, Oesterheld M, Schmidt T, Strack N, Theis FJ, Ruepp A, Frishman D
    An evolutionary and structural characterization of mammalian protein complex organization.
    BMC Genomics. 2008 Dec 23;9:629.
11. Schmidt T, Frishman D.
    Assignment of isochores for all completely sequenced vertebrate genomes using a consensus
    Genome Biology 2008, 9:R104, doi:10.1186/gb-2008-9-6-r104
12. Ilyinskii PO*, Schmidt T*, Lukashev D, Meriin AB, Thoidis G, Frishman D, Shneider AM (*equal joint first authors)
    Importance of mRNA secondary structural elements for the expression of influenza virus genes.
    OMICS 13: 5. 421-430 Oct (2009)
13. Schmidt T, Mewes HW, Stümpflen V
    A novel putative miRNA target enhancer signal. PLoS One 4: 7. 07, 2009
14. Haack TB, Danhauser K, Haberberger B, Hoser J, Strecker V, Boehm D, Uziel G, Lamantea E, Invernizzi F, Poulton J, Rolinski B, Iuso A, Biskup S, Schmidt T, Mewes HW, Wittig I, Meitinger T, Zeviani M, Prokisch H
    Exome sequencing identifies ACAD9 mutations as a cause of complex I deficiency. Nature Genetics, 2010 Dec; 42(12):1131-4
15. Chursov, A.,Walter M.C., Schmidt T, A. Mironov A., Shneider A., Frishman D.
    Sequence-structure relationships in yeast mRNAs.
    Nucleic Acids Res. 2012, 40(3):956-962.
16. Haack TB, Danhauser K, Haberberger B, Hoser J, Uziel G, Biskup S, Rolinski B, Schmidt T, Wittig I, Zeviani M, Freisinger P, Meitinger T, Prokisch H, Mitochondrial complex I deficiency: exome sequencing aids efficient diagnosis and identification of a novel disease gene
    Neuropediatrics 42.S 01: P073 (2011).
17. Li, D., Rothballer, M., Engel, M., Hoser, J., Schmidt, T., Kuttler, C., … & Hartmann, A. (2012). Phenotypic variation in Acidovorax radicisN35 influences plant growth promotion. FEMS microbiology ecology, 79(3), 751-762.

Talks, Conference Proceedings, Posters, Abstracts (Auswahl)

1. Pfeiffer F, Wolfertz J, Garcia-Rizo C, Hickmann V, Schmidt T, Falb M, Oesterhelt D, Beilstein-Institut, International Workshop Molecular Informatics: Confronting Complexity, May 13th -16th, 2002, Hotel Schloss Korb, Missian-Eppan, nr. Bozen, Italy, “HaloLex: A Lighthouse in the Flood of Information” (Conference paper)
2. Schmidt T, Max-Planck Institut for Biochemistry meeting, 2002, Schloß Ringberg, 2002, Germany, „Hidden Markov Models“ (Talk, in english)
3. Schmidt T, Konrad Adenauer Stiftung, June 5, 2003 at the Ludwig Maximilians University Munich, Germany, “Bioinformatic – Problem Sets and Applications” (Invited Speaker)
4. Pfeiffer F, Schmidt T, et al., Max Planck Gesellschaft – Bioinformatics Meeting: Microbial Genomes, June 25, 2003, RZG at IPP, Garching, Germany, “Halolex” (Talk, in English)
5. Schmidt T, PEDANT workshop at the Institute for Bioinformatics, November 11, 2004, Neuherberg, Germany, “A software system for large-scale comparisons of protein sequence and structure properties” (Talk, in English)
6. Schmidt, T., 5th BioSapiens European School in Bioinformatics (5th ESB), Sep 4-8 2006, Budapest, Hungary, “Protein Structure Prediction and Analysis”, (Invited Speaker, om English)
7. Schmidt T, German Conference on Bioinformatics 2006 (GCB 2006), Tübingen, Germany, September 20-22, 2006, Software Demo PROMPT, (Talk, in English)
8. Schmidt T, Frishman D, Bioinformatics Munich Workshop (BIM 2006): From Genomes to Systems Biology, November 9-10, 2006, Munich, Germany (Poster, in English)
9. Schmidt T, Frishman D, 5th European Conference on Computational Biology (ECCB 2006), Eilat, Israel, January 21-24 2007, (Poster, in English)
10. Schmidt T, Hombach M, Frishman D, German Conference on Bioinformatics 2007 (GCB 2007). Potsdam, Germany, September 26-28, 2007 (Talk, in English)
11. Schmidt T, Hombach M, Frishman D, German Conference on Bioinformatics (GCB 2007), Potsdam Sep. 2007, Short papers , 6-7 (2007), “Comparative analysis of isochores in mammalian genomes” (Conference paper)
12. Schmidt T, Institute for Bioinformatics, Juni 2008, Neuherberg, Germany, “Influenza RNA structure & expression” (Talk, in English)
13. Schmidt T, Klinikum rechts der Isar der Technischen Universität München, III. Medizinische Klinik (Hämatologie/Onkologie), Okt. 2009, “Influence of ncRNAs on alternative splicing” (Invited Talk, in English)
14. Schmidt T, Mewes HW, CoReNe DFG Evaluation, Jan. 2010, Heidelberg (Poster, in English)
15. Schmidt T, Institute for Bioinformatics, Mai 2010, Neuherberg, Germany, “Prospects of Next Generation Sequencing” (Talk, in English)
16. Albrecht N, Schmidt T, RECESS Meeting 2010, Ludwig-Maximilians University, München, “Regulatory action and target effects of ncRNAs” (Poster, in English)
17. Schmidt T, MIPS Retreat, Herrsching, April 2011, “Next Generation Sequence Analysis for Genomics and Transcriptomics” (Talk, in English)
18. Albrecht N, Schmidt T, Mewes HW, RECESS Meeting 2011, Kloster Seeon, Mai 2011, “Interaction between long and small ncRNAs” (Poster, in English)
19. Nikulova AA, Artemov AV, Schmidt T. Information Technologies and Systems, ITaS, 2012, Petrozavodsk, Russia), A Generic Java Framework for the Large-scale Comparison of NGS Data (Poster, in English)
20. Schmidt T, Wilts T, German Conference on Bioinformatics (GCB), 2015, Dortmund (Conference paper + Poster, in English)
21. Schmidt T, Keynote Vortrag „Neue Wege für die Big-Data-Ära“ auf dem Symposium „Big Data“ ein interdisziplinärer Blick in Wissenschaft und Praxis (18.10.2016), Emden
22. Beitrag zur Zielsetzung “Digitalisierung”: siehe “Mehr Biogas dank Big Data” in Campus Markt (Mai 2018, S. 3)
23. Vortrag zum Thema Personalized Medicine, NfG, “Bioinformatik – der Weg vom Gen zur personalisierten Medizin”, 7. Mai 2018 um 19:30 – 21:30 (hier ging es insbesondere um die Frage wie aus den großen und multivariaten Datenmengen in der Medizin mittels statistischer Methoden bessere Entscheidungskriterien für eine individualisiertere Behandlung hergeleitet werden)

Web Services und Software (Auswahl)

1. Antonov AV*, Schmidt T*, Wang Y, Mewes HW. ProfCom
   Web tool for profiling the complex functionality of gene groups identified from high-throughput data (*joint first author)
   Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;3: W347-51
   http://webclu.bio.wzw.tum.de/profcom/
2. Wägele B, Schmidt T, Ruepp A, Mewes HW, Orest
   Online resource for EST analysis,
   Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36:W140-4.
   http://mips.helmholtz-muenchen.de/genre/proj/orest/
3. Ruepp A, Brauner B, Dunger-Kaltenbach I, Frishman G, Montrone C, Stransky M, Waegele B, Schmidt T, Doudieu ON, Stümpflen V, Mewes HW.
   CORUM: comprehensive resource of mammalian protein complexes.
   Nucleic Acid Research 2007 Oct 26;
   http://mips.helmholtz-muenchen.de/genre/proj/corum
4. Riley M, Schmidt T, Wagner C, Mewes H, Frishman D.
   PEDANT genome database; Nucleic acids research 33, D308-10
   http://pedant.gsf.de/
5. Schmidt T, Frishman, D, PROMPT
   A protein mapping and comparison tool
   BMC Bioinformatics 2006, 7:331
   http://webclu.bio.wzw.tum.de/prompt
6. Schmidt T, Xenon Blast,
   DOS-Spiel veröffentlicht im April 1994 auf der Cover-CD der damals auflagenstärksten Computerzeitschrift Power Play Markt & Technik Verlag AG, Hans-Pinsel-Straße 2, 8013 Haar bei München
7. Schmidt T, Super Stealther 3.0,
   Windows-Programm zum sicheren Surfen im Internet
   Verlag: BHV Software Gmbh & Co. KG Verlag, 41564 Kaarst-Büttgen, Germany, ISBN 3-8287-7228-5
   im Testbericht der Zeitschrift PC Professionell (Vol. 10/2001, pp. 132-137) mit „sehr gut“ bewertet, VNU Business Publications Deutschland GmbH, Riesstraße 25, 80992 Munich, Germany, ISSN 0939-5822